甲方与乙方的分公司签署买卖合同，合同约定甲方以“乙方”为抬头开具发票，但无约定是由乙方付款还是乙方的分公司付款，但实际的付款单位是乙方。现乙方变更了名称，为丙，乙方的分公司现要求甲方与丙签署一份补充协议，协议约定：乙方变更了名称；乙方与甲方签订合同由丙继承，甲方开具的发票需以丙为抬头开具。
请问，这样一份补充协议能签吗？因为原合同是同分公司签的，后续补充协议应该都是由分公司继续签署，但对方反馈说这是总公司要求的，发下来的版本，不能改。而且甲方现在还有尾款没有回笼，若签了这份补充协议，会对日后寻求司法途径解决时有影响吗？
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